Gençlik yılları Silifke'de geçti. 23 Temmuz 1999'da Hatayspor'da profesyonelliğe geçti. 2003-2004 sezonunda İstanbulspor A. Ş. takımından 3 yıllık sözleşme yapılarak Fenerbahçe’ne transfer edildi. Orta saha mevkiinde oynamaktadır.
Fenerbahçe'deki ilk maçı, 16 Temmuz 2003 tarihinde oynanan Waldhof Mannheim - Fenerbahçe, hazırlık maçıdır. Fenerbahçe'deki ilk resmi maçı, 10 Ağustos 2003 tarihinde oynanan ve takımının 0-3 kaybettiği Fenerbahçe - İstanbulspor, Süper Lig maçıdır. Uzun yıllar boyu oynamaya devam ettiği kulüpte birçok kez yedek kalsa da inişli-çıkışlı performansıyla hiçbir zaman ilk on birin değişmez futbolcularından biri olamadı. Fenerbahçe'ye transfer olduktan sonra 21 numaralı formayı giymeye başlayan Selçuk, 2011-2012 sezonunda memleketi Tunceli'nin plaka numarası olan 62 numara ile maçlara çıktı. Bir sene boyunca 62 numaralı formayı giyen Selçuk, 2012-2013 sezonunda tekrar 21 numaralı formayı giymeye başladı.Selçuk derbi maçlarında ve kritik maçlarda attığı gollerle Fenerbahçe'de 10 senedir forma giymektedir.Selçuk, 23 Mayıs 2013 günü Fenerbahçe ile 2 senelik yeni sozlesme imzalamıştır. 18 Haziran 2015'te sözleşmesi yenilenmediği için takımdan ayrılmıştır.[2] Selçuk Şahin İsviçre 2. Lig takımlarından Fuat Çapa nın teknik direktörlüğünü yaptığı FC Wil 1900'e transfer oldu.[3] 2015-2016 sezonu arasında Gençlerbirliği'ne gitti.[4]