Sandakan, Malezya'nın Sabah eyaletinde bulunan bir şehirdir. Şehir Borneo Adası'nın kuzeydoğusunda Sulu Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 2.226 km2 olan şehrin nüfusu 2010 yılı itibarı ile 396.290'dır.[1]
Sandakan daha önceden Sulu Sultanlığı ve Britanya Kuzey Borneosu'nun başkentiydi. II. Dünya Savaşı sırasında ağır zarar görmüştür. Şehre Sandakan Havalimanı hizmet vermektedir.