Doktorasını tamamladıktan sonra, sonunda Üniversite Profesörü rütbesine ulaştığı ve 1979'a kadar ders verdiği Pittsburgh Üniversitesi'nde profesör oldu. 1979'dan 1993'e kadar Yale Üniversitesi'nde profesörlük yaptı ve burada Kimya Sterling Profesörü rütbesine yükseldi. 1991 yılına gelindiğinde, 1993 yılında başkanlık yaparak Kanser Araştırma Biyoorganik Kimya Laboratuvarı müdürü olarak Memorial Sloan-Kettering Kanser Merkezi ile paylaşıyordu. 1993 yılında Columbia Üniversitesi'nde profesör olarak randevu kabul etti ve şimdi Columbia ile Sloan-Kettering arasında zaman ayırmaktadır.
Araştırması
Samuel J. Danishefsky, çoğu farmasötikle ilgili olan birçok karmaşık organik bileşiğin sentezlenmesindeki rolü ile bilinmektedir. Columbia Üniversitesi'nde Danishefsky tarafından sentezlenen moleküller arasında, anti-kanser ajanları olarak vadedilen doğal ürünler olan epotilonlar ve kalikeamisin bulunmaktadır.
1995/96 yıllarında ""kompleks moleküllerin, özellikle polisakkaritler ve diğer birçok biyolojik ve tıbbi açıdan önemli bileşiklerin sentezinde yeni yollar açan yeni kimyasal reaksiyonlar tasarlamak ve geliştirmek" nedeniyle Wolf Ödülü'nü Columbia Üniversitesi'nden Gilbert Stork ile paylaştı.[5]
Amerikan Kimya Derneği Guenther Ödülü ve Aldrich Sentetik Organik Kimyada Yaratıcı Çalışma için Aldrich Ödülü, Amerikan Kimya Derneği Kimyasal Araştırmalarında FA Pamuk Madalyası, Tetrahedron Ödülü (1996), Arthur C. Cope Ödülü (1998), New York Belediye Başkanı Bilim ve Teknoloji Ödülü ve Bristol Myers Squibb Yaşam Boyu Başarı Ödülü dâhil olmak üzere birçok ödüle layık görüldü. 2006 yılında sentetik organik kimya alanındaki başarıları, özellikle doğada bulunan karmaşık maddelerin hazırlanması için yöntemlerin geliştirilmesi ve bunların kanser tedavisi alanında ortaya çıkan uygulamaları nedeniyle Kimya Benjamin Franklin Madalyası ile ödüllendirildi. Scripps Araştırma Enstitüsü Bilimsel İdare Kurulu üyesidir. Yeshiva Üniversitesi'nden fahri doktora yapmıştır.
^Samuel J. Danishefsky (2000). "From the Laboratory to the Clinic: A Retrospective on Fully Synthetic Carbohydrate-Based Anticancer Vaccines". Angew. Chem. Int. Ed. 39: 836-863.
^Total Synthesis of Baccatin III and Taxol Samuel J. Danishefsky, John J. Masters, Wendy B. Young, J. T. Link, Lawrence B. Snyder, Thomas V. Magee, David K. Jung, Richard C. A. Isaacs, William G. Bornmann, Cheryl A. Alaimo, Craig A. Coburn, and Martin J. Di Grandi J. Am. Chem. Soc.; 1996; 118(12) pp 2843 - 2859 DOI Abstract[ölü/kırık bağlantı]