Merton 1939 yılına kadar Harvard'de öğretmenliğini sürdürmüş aynı yıl Tulane Üniversitesi Sosyoloji Bölümünün başkanlığına getirilmiş ve profesör olmuştur. 1941'de Columbia Üniversitesi'ne girmiştir.
Merton kültürel yapı ve toplumsal yapı ayrımını getirmiştir. Kültürel yapı belli bir toplum ya da grup üyelerinin ortak davranışını yöneten, örgütlenmiş bir seri normatif değerlerdir. Toplumsal yapı ise toplumun ya da grubun üyelerinin çeşitli şekillerde içinde bulundukları örgütlenmiş bir dizi toplumsal ilişkilerdir. Bu yapı aynı zamansa yapı kavramının insanların yaşamlarındaki davranışlarının nedenini anlamaya yönelik bir araç olduğunu da ortaya koynaktadır (Gökçe;1996:4).
Kariyerinin önemli bir kesimini Colombia Üniversitesi'nde eğitmen olarak geçirip profesör unvanıyla tamamlayan Robert King Merton "kendi kendini doğrulayan kehanet", "rol modeli" ve "kastedilmeyen sonuçlar" gibi terimleri sosyoloji literatüre kazandırmıştır.
Merton ABD Ulusal Bilimler Akademisine seçilen ilk sosyologlardan biri ve aynı zamanda American Philosophical Society ve kendisini Parsons ödülüyle ödüllendiren American Academy of Arts and Sciences'in de üyesidir.