Tapınağın kesin inşa tarihi bilinmemekle birlikte, tapınağın mevcut hali M.S. 1692 yılında inşa edilmiştir[2] Zamanla, iki katlı tapınağın etrafına, 14. yüzyıldan kalma Rama tapınağı ile Vaishnava tapınak kompleksi ve 11. yüzyıldan kalma bir el yazmasında adı geçen Guhyeshwari tapınağı da dahil olmak üzere daha birçok tapınak inşa edilmiştir.
Pashupatinath Tapınağı Katmandu'daki en eski Hindu tapınağıdır. Pashupatinath tapınağının tam olarak ne zaman inşa edildiği bilinmemektedir. Ancak Nepalli Mahatmaya ve Himvathanda'ya göre, yerel tanrı burada Pashupati olarak büyük ün kazanmıştır.[3] Kaydedilen en eski tapınak M.S. 400 yılına kadar uzanmaktadır[4][5] Süslü pagoda bir Şiva lingasına ev sahipliği yapmaktadır. Alok Pashupatinath tapınağının burada nasıl ortaya çıktığını anlatan birçok efsane vardır.
Bir efsaneye göre Şiva ve Parvati, Bagmati Nehri'nin doğu kıyısındaki bir ormanda antilop şekline girmişlerdir. Daha sonra tanrılar onu yakalamış ve boynuzlarından birinden tutarak onu ilahi formunu almaya zorlamışlardır. Kırılan boynuza bir lingam olarak tapınıldı, ancak zamanla gömüldü ve kayboldu. Yüzyıllar sonra bir sığır çobanı ineklerinden birini toprağı sütle sularken bulmuş ve yeri kazdığında ilahi linga Pashupatinatha'yı keşfetmiştir.
Gopalraj Aaloku Vatu'ya göre tapınak Lichchavi kralı Prachanda Deva tarafından yaptırılmıştır.
Bir başka kronik ise Supuspa Deva'nın beş katlı Pashupatinath tapınağını inşa etmeden önce Pashupatinath tapınağının lingam şeklindeki Devalaya'da olduğunu söylemektedir. Zaman geçtikçe tapınağın yenilenmeye ihtiyacı vardı. Bu tapınağın Shivadeva (MS 1099-1126) adlı bir Orta Çağ kralı tarafından yeniden inşa edildiği bilinmektedir. Tapınağa bir çatı ekleyen Ananta Malla tarafından yenilenmiştir.[6][7]
