Mağara, yüzeyle bağlantısı olan ve gün ışığı ile bağlantısı kaybolacak derinliğe ve en az bir insanın sürünerek girebilmesine olanak verecek genişlik ve yüksekliğe sahip olan yeraltı boşluklarıdır. Speleoloji mağaraları inceleyen bilim dalıdır.

Gün ışığının kaybolmadığı boşluklara kovuk adı verilir.

• Karstik mağaralar: Kireç taşı, dolomit, mermer, jips, tuz, kalsit, çimentolu konglomera ve kum taşı gibi erimeye uygun karbonatlı ve sülfatlı kayaların, yeraltı suları tarafından eritilerek aşındırılmasıyla meydana gelen mağaralara karstik mağaralar denir. Bu tür mağaralar oluşum açısından en zengin ve yaygın mağaralardır.
• Lav tüpü mağaraları: Bazı mağaralar lavların soğuması sırasında içlerinde bulunan boşluklardan meydana gelir. Akışa geçen lav kütlesinin dış kısmı soğuyarak katılaşır, içinden kızgın lav akmaya devam eder. Lav çıkışı bittiğinde içerideki bu boşluk mağara şeklini alır. Fakat bu mağaralarda zehirli gaz çıkışları olması ihtimali nedeniyle girilmesi tehlikelidir.
• Buzul mağaraları: Buzul içinde oluşan mağaralardır. Eriyen sular buzulun tabanından akışa geçer, burada tabandaki kaya ile buzul arasında boşluk oluşur.
• Buz mağaraları: Herhangi bir mağaranın içinde buz oluşumu ile Buz mağaraları oluşur.
• Rüzgâr mağaraları: Rüzgârın çöllerde yerden havalandırarak uçurduğu taneciklerin kayalarda açtığı mağaralardır.
• Tuz mağaraları Kayatuzu blokları içinde suların oluşturduğu erime boşluklarıdır. İran, İsrail, Şili'de görülürler.
• Deniz mağaraları:Dalgaların kıyıdaki dikliklerde açtığı oyuklardır. Bir kısmının denizden girilen ilginç girişleri vardır.

• Vadoz mağaralar: Suyun bulunmadığı kuru ve aktif olmayan, aşınmanın durduğu fosil mağaralardır. Mağara içi hava doludur.
• Freatik mağaralar: Mağara içinin su dolu olduğu, akım ve aşınmanın yatay yönde geliştiği alanlardır.

• Sarkıt: yer altındaki suyun mağara tavanındaki materyalleri eritip aşağıya doğru sarkıtmasıyla oluşan şekillerdir.
• Dikit: Mağara tavanından su sayesinde yere düşen ve yerden yükselip burada biriken materyallerin oluşturduğu şekildir.
• Sütun: Sarkıt ve dikitin birleşmesiyle oluşan ve yerden tavana kadar uzanan şekildir.
• Traverten: Yeraltı sularının eriterek bünyesine kattığı kalsiyum karbonatın, yüzeye çıktığında çökelmesiyle mağara içlerinde travertenler oluşur.

Mağaralar ısı, nem ve ışık vb. ekolojik faktörler açısından bölümlere ayrılır.

• Giriş zonu: Mağaranın giriş bölümünde yer alır. Ekolojik şartlar mağara dışına benzer, sıcaklık ve nem dış ortama bağlı değişiklikler gösterir. Bu alan ışık da aldığı için nem ve soğuğa uyum sağlamış canlılar bulunur.
• Alacakaranlık zonu: Girişten sonraki bölümdür. Işık azlığından dolayı girişteki bitkilerin çoğu yaşayamaz. Az sayıda bitkinin yaşadığı bu bölümde ısı ve nem sabitlense de, dışarıdan belli ölçüde etkilenir.
• Karanlık zonu: Nem ve ısının çok az değiştiği ya da sabit olduğu bu bölümde ışık yoktur. Mutlak karanlığın hakim olduğu bu alanlarda gerçek mağara canlıları yaşar.

Mağara canlıları J. R. Schiner tarafından 1854 yılında, mağaraya olan bağımlılıklarına göre sınıflandırılmıştır. Bu sınıflandırma günümüzde de kullanılmaktadır.

• Mağara ziyaretçileri; Mağara dışında yaşayan, fakat bazı zamanlarda mağarayı kullanan kara canlılarıdır. Güve, kurbağa ve kış uykusuna yatan ayılar gibi canlılar çoğunlukla giriş kısmını kullanırlar.
• Mağara seven canlılar: Bunlar hayatlarının tamamını mağarada geçiren, fakat mağara ortamına yakın dış ortamlarda da yaşayabilen canlılardır. Bazı böcek türleri ve mağara çekirgeleri bu gruba örnektir.
• Gerçek mağara canlıları; Mağara dışında yaşayamayan, tamamen bu ortama bağlı hayat süren canlılardır. Mağara ortamına uyum sağlamış bu canlılara, mağara semenderi ve mağara kereviti örnektir.

Mağaralardan genel olarak şu alanlarda yararlanılır: Turizm, doğal soğuk hava deposu, tulum peyniri ve yağ gibi gıdaların saklanması ve olgunlaşması, kültür mantarı yetiştiriciliği, solunum yolu rahatsızlıklarının tedavisi, askeri sığınak ve depo, yarasa gübresi (guano) üretme, doğalgaz, LPG ve akaryakıt depolama, mağaradaki yeraltı sularından yararlanma.^[3] Mağaraların yıl içinde sıcaklıklarının (17-24C) ve nemlerinin (%40-80) fazla değişmemesi mikroklima buralara özelliği kazandırır. Bu açıdan mağaralar sağlık turizmi bakımından önem taşır.^[4]

• Dış kuvvetler
• Grotto
• Türkiye'deki mağaralar