İsveç'te idari bir konumu olmayan bölgeler bulunmaktadır. Jönköping ili de bu bölgelerden olan Småland'ın büyük kısmının ve Västergötland'ın iki belediyesinin üzerinde kuruludur. Bu son iki belediye ile 1999 yılında eklenmiştir.
Yönetim
Jönköping ili, 1687 yılına kadar Kronoberg ilinin bir parçasıydı. İlin bir yönetim kurulu bulunmaktadır. Bu kurul, İsveç yönetimine bağlı olup, yöresel anlamda sağlık, eğitim, güvenlik ve ulaşım gibi konularda yöre ihtiyaçlarını karşılamaktadır. İl, vali tarafından yönetilmektedir.