Jun Kanakubo (d. 26 Temmuz 1987), Japon futbolcudur. Profesyonel kariyerine 2010 yılında Omiya Ardija kulübünde başladı. Daha sonra sırasıyla Avispa Fukuoka, Kawasaki Frontale, Vegalta Sendai kulüplerinde oynadı.