Her iki boya da morötesi ışık ile 350 nm civarında uyarılır, her ikisi de 461 nm yayım maksimumunda mavi/siyan renkte floresan ışık yayarlar. Hoechst boyaları canlı veya fikse edilmiş hücrelerde kullanılabilirler, çoğu zaman bir diğer nükleik asit boyası olan DAPI (4',6-diamidino-2-fenilindol) yerine kullanılırlar. Aralarındaki en önemli fark, Hoechst 33342'deki ek etil grubunun onu daha lipofilik yapması ve dolayısıyla hücre zarı ile etkileşmesini daha muhtemel kılmasıdır. Bazı uygulamalarda Hoechst 33258 belirgin derecede daha az zar geçicidir.
Bu boyalar ile, standart bir floresan yayım - miktar eğrisine bakılarak, bir numunedeki DNA miktarı tespit edilebilir.
^Hawley, Robert C.; Teresa S. Hawley (2004). Flow Cytometry Protocols (Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), V. 263.). Totowa, NJ: Humana Press. ISBN1-58829-235-5.KB1 bakım: Birden fazla ad: yazar listesi (link)