1 Ekim 1982'de, Wolfenbüttel'deki merkeziyle Brunswick Lüteriyen Kilisesi'nin muhafazakarı olarak göreve başladı ve 31 Mayıs 1994'e kadar bu görevi sürdürdü.[2] Papazlar ve ailelerinin manevi bakımlarına odaklanmıştır. Kiliseden ayrılanların sayısındaki artışla karşı karşıya kaldığında, “Neu anfangen” gibi üyelerle daha yoğun iletişim arayan projeleri destekledi. Almanya’nın yeniden birleşmesi sonrasında, 1992'de Blankenburg ve Calvörde gibi iki cemaat Brunswick Kilisesi'ne geri döndü. Müller, sınır açıldığında hemen Blankenburg'u ziyaret etti ve iletişim kurdu. Piskopos olarak görev yaptığı süre boyunca Göttingen Üniversitesi'nde kilise tarihi hakkında dersler verdi.
Müller, 95 yaşında uzun bir hastalıktan sonra Erlangen'de hayatını kaybetti.
Yayınları
‘‘Einsichten Martin Luthers – damals und jetzt. Analyse und Kritik’’, Martin-Luther-Verlag, Erlangen 2015, ISBN 978-3-87513-188-8.
Bengt Hägglund ile birlikte: ‘‘Kirche in der Schule Luthers. Festschrift für D. Joachim Heubach’’, Martin-Luther-Verlag, Erlangen 1995, ISBN 978-3-87513-100-0.
‘‘Zwischen Reformation und Gegenwart.’’ ** Cilt 1: *‘‘Vorträge, Aufsätze, Predigten.’’ Lutherisches Verlags-Haus, Hannover 1983, ISBN 3-87502-148-7. ** Cilt 2: *‘‘Vorträge und Aufsätze.’’ Lutherisches Verlags-Haus, Hannover 1988, ISBN 3-7859-0554-8.
‘‘Die Rechtfertigungslehre. Geschichte und Probleme.’' Gütersloher Verlagshaus Mohn, Gütersloh 1977, ISBN 3-579-04460-5.