Estonian Air ülkenin bağımsızlığını elde etmesinin hemen ardından 1 Aralık 1991'de kuruldu. İlk uçuşunu Frankfurt'a 1991 yılında gerçekleştirdi. 1992 yılında IATA'nın üyesi oldu.
İflasından önce 22 uçuş noktasında hizmet vermekte olan şirketin 7 uçağı bulunmaktaydı.
28 Aralık 2015 mahkeme kararıyla iflas ettirildi.[1]