2008 yılında tuğamiral rütbesine terfi etti.[3]Balyoz davasında 23 Şubat 2010 tarihinde gözaltına alındı ve ertesi gün tutuklandı.[4] Hasdal Askerî Cezavine gönderildi. Daha sonra Silivri Cezaevine nakledildi.[5]
Yaptığı savunmada
Sahte dijital verilere dayalı bu dava bence çökmüştür. Bizleri bir süre daha çöken bu sahte davanın enkazında tutabilirsiniz. Ancak asıl soru, bu davanın sonunda enkazın altında kimlerin kalacağıdır. Hainlik ve ihanetin odağı olan, dış mihraklara uşaklık eden şerefsizlere sesleniyorum! Bu salondaki koltuklara oturacaksınız ve vatana ihanet ile yargılanacaksınız. Bundan kaçışınız asla mümkün değildir.
dedi. Mahkeme, 21 Eylül 2012'de 18 yıl hapis cezası verdi.[6]Yargıtay, kararı onadı.[7][8] Hapiste akciğer kanseri oldu ve tedavi görmeye başladı. Anayasa Mahkemesi, 18 Haziran 2014 tarihli kararında oy birliğiyle dosya hakkında ihlal kararı verdi.[9] 1 Şubat 2014'te Çakmak'ın infazının sağlık sorunları sebebiyle ertelenmesine karar verildi.[10] 31 Mart 2015'te beraat etti.[11]
^DHA, Serpil KIRKESER / İstanbul (4 Temmuz 2015). "Cem Aziz Çakmak yaşamını yitirdi". www.hurriyet.com.tr. 25 Nisan 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Temmuz 2024.