Yayın hayatına 14 Nisan 2004'te başlayan gazetenin sahibi Birgün Yayıncılık ve İletişim Ticaret A. Ş.'dir. Gazetenin sermayesi, birçok ortaktan ve çeşitli sendika ile meslek odalarından topladığı paralarla oluşturulmuştur.
8 Mayıs 2016'da gazetenin Pazar ekinde, Mine G. Kırıkkanat'ın yeni çıkan kitabıyla ilgili bir röportajında yer alan, gazeteci Özlem Özdemir'in PKK içinde kadınların durumundan söz edilirken sarf ettiği 'Kadınlar mal gibi yani?' sorusu tepki topladı. Gazete, konuyla ilgili bir açıklama yaparak özür diledi ve internet sitesinde soruyu 'Kadınlar değersiz mi görülüyor?' olarak değiştirdi.[3][4][5] Kırıkkanat, 9 Mayıs 2016'da Twitter hesabından yaptığı bir açıklamada; "Alıklık ve kabalıktan özür dilemek @BirGun_Gazetesi ne yakışmadı. Özgürlükçü demokrasi derken, baskıya ve korkuya teslim oldu." ifadelerini kullandı.[6]
BirGün yöneticilerinden Barış İnce, Berkant Gültekin ve Can Uğur 17 Şubat 2015 tarihinde manşette yer alan "Katil ve Hırsız Erdoğan" sözlerinden ötürü Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'a hakaretten yargılandılar.[7] Bir ay yirmişer gün hapis cezasına çarptırılan gazetecilerin cezası ertelendi.[7] Gazetenin yazarlarından Kemal Bekir Ulusaler, 18 Şubat 2015'te yayımlanan "Ayaktayız, ayakta" başlıklı yazısı sebebiyle Cumhurbaşkanı Erdoğan'a hakaret'ten 11 ay 20 gün hapis cezasına çarptırıldı ve cezası ertelendi.[8] Barış İnce, "Ceplerine duble yol yapmışlar" başlıklı haberiyle ilgili Cumhurbaşkanı Erdoğan ve oğlu Bilal Erdoğan'ın şikayetiyle açılan davada 10.620 TL para cezasına çarptırıldı.[9] İnce, mahkemede yaptığı akrostişli savunmasından dolayı hakkında açılan bir diğer davada Cumhurbaşkanı Erdoğan'a hakaret suçundan 21 ay hapis cezası aldı ve cezası ertelenmedi.[9] Halihazırda devam eden çok sayıda dava ve soruşturma da bulunuyor.
