Nübel, sezona Ralf Fährmann'ın ardından Schalke'nin ikinci kalecisi olarak başladı. Kış tatilinden sonra Schalke'nin teknik direktörü Domenico Tedesco, Fährmann'ın yerine Nübel'i birinci kaleciliğe yükseltti.[2] 2 Şubat 2019 tarihinde Nübel, Borussia Mönchengladbach ile yaptıkları maçta kırmızı kartla oyun dışı kaldı ve iki Bundesliga maçı için cezalı duruma düştü.[3] Nübel, bu iki maç dışında takımın birinci kalecisi oldu.
6 Ağustos 2019 tarihinde Nübel, Schalke'nin teknik direktörü David Wagner tarafından kulübün yeni kaptanı seçildi.[4] Nübel, sezona girdiğinde Schalke ile yalnızca bir sezonluk sözleşmesi kalmıştı. 22 Aralık 2019 tarihinde Schalke, Nübel'in yeni sözleşme imzalamayacağını bildirdiğini açıkladı.[5] 4 Ocak 2020 tarihinde Nübel, sezon sonunda Bayern München'la serbest transferi konusunda anlaştı.[6] Onun ayrılışının ardından Schalke'de kaptanlığa Omar Mascarell getirildi.[7]