Whitecaps har aldrig vunnit ligamästerskapet MLS Cup och inte heller Supporters' Shield, som tilldelas klubben som tagit flest poäng i grundserien. Däremot har klubben en gång vunnit Canadian Championship.
Klubben grundades den 18 mars 2009 och ersatte en klubb med samma namn som spelade en nivå under MLS. Sin första säsong i MLS gjorde klubben 2011, då man under större delen av säsongen spelade i en tillfällig arena medan BC Place renoverades. 2012 blev Whitecaps den första kanadensiska klubben att gå till slutspel i MLS. Året efter missade klubben slutspel, men Camilo Sanvezzo gjorde 22 mål och vann MLS Golden Boot.[1]
Vancouver var bästa kanadensiska klubb i MLS 2014 och erhöll därför en plats i Concacaf Champions League2015/16[10], där man dock inte lyckades ta sig vidare från gruppspelet.[1] 2015 vann klubben sin första titel när man tog hem Canadian Championship efter att ha besegrat Montreal Impact i finalen med 4–2 sammanlagt. Man kvalificerade sig därmed för Concacaf Champions League även 2016/17.[11] Där gick Whitecaps ända till semifinal, i vilken det blev förlust mot mexikanskaTigres UANL med totalt 1–4.[12]
Alphonso Davies, född 2000, debuterade som mycket ung för Vancouver 2016 och ådrog sig snart intresse från många europeiska storklubbar. Sommaren 2018 blev han klar för Bayern München, men spelade klart 2018 års säsong för Whitecaps.[13] Under 2020 års säsong tvingades klubben att spela de flesta hemmamatcherna på bortaplan på grund av reserestriktioner i Kanada under covid-19-pandemin[1], och även 2021 spelade man ofta hemmamatcher i USA av samma skäl.
