De största städerna i Bay Area är San Francisco, San José och Oakland. San Francisco är traditionellt kulturellt och finansiellt centrum i området men är inte längre lika dominant (San José har större invånarantal) och är inte heller geografiskt sett ett klart urbant centrum. Den ekonomiska tyngden ligger snarare i Silicon Valley i södra delen av området. Två av USA:s främsta universitet, Stanforduniversitetet och University of California i Berkeley ligger också i San Francisco Bay Area.
Bay Area är alltså något annorlunda än typiska storstadsområden som har en enda stadskärna och är omgivna av förorter. Befolkningen är istället utspridd över ett flertal städer och förorter. På grund av den utspridda karaktären kallas området lokalt oftast bara Bay Area (utan referens till någon speciell stad) och det fullständiga namnet används mest av personer utifrån och i officiella sammanhang.