Säsongen 2008/09 representerade Krüger Djurgården Hockey i Elitserien. Vid slutet av år 2009 hade han spelat 30 elitseriematcher med 27 noterade poäng, vilket innebar en topplats i Elitseriens juniorpoängliga. Han var uttagen till det svenska juniorlandslaget under Juniorvärldsmästerskapet i ishockey 2010 som spelades julen 2009 och efterföljande nyårshelg.
NHL
Chicago Blackhawks (I)
Säsongen 2010/2011 skrev Krüger på ett kontrakt med Chicago Blackhawks men istället för att spela i klubbens farmarlag lånades han ut till Djurgården. På 52 matcher spelade han ihop sex mål och 35 poäng, ett personbästa. Efter att Djurgården förlorat kvartsfinalen mot Luleå HF fick han chansen att spela i NHL. Eftersom han var utlånad kunde Blackhawks plocka över honom direkt. Marcus Krüger gjorde sin NHL-debut den 23 mars 2011 mot Florida Panthers. Efter det fick han spela totalt sju matcher på den kvarvarande säsongen. Han fick också spela ett par av matcherna i den första slutspelsrundan mot Vancouver Canucks. I den slutspelsserien skulle han också noteras för sin första poäng i NHL.
Efter att Blackhawks blivit utslagna av Canucks i slutspelet 2011 valde Krüger att representera Sverige i Världsmästerskapet i ishockey för herrar 2011. Han spelade nio matcher och gjorde två mål och en assist. Krüger bildade kedja tillsammans med Jakob Silfverberg och Mattias Tedenby. Sverige förlorade VM-finalen mot Finland och Krüger var med och tog ett silver med det svenska laget.
Under säsongen 2012/2013 vann Krüger Stanley Cup med Chicago Blackhawks och gjorde 13 poäng på 47 matcher. I juli 2013 skrev han på ett tvåårskontrakt med klubben.[2]
Vegas Golden Knights och Carolina Hurricanes
2 juli 2017 blev han trejdad till Vegas Golden Knights i utbyte mot framtida överväganden, dvs. draftval eller spelare som bestäms senare.[3] Bara två dagar senare trejdade Vegas honom till Carolina Hurricanes mot ett draftval i femte rundan 2018.[4]
