Det första damlaget grundades den 7 september 1970. De vann fem mästerskapstitlar och två cuptitlar innan damsektionen bröt sig ur Malmö FF2004. Den nya föreningen spelade dock vidare under namnet Malmö FF Dam fram till och med säsongen 2006, varefter namnet ersattes med LdB FC Malmö.[1] Till säsongen 2014 blev denna förening FC Rosengårds damlag.[2][3]
Den 26 november 2019 grundades ett damlag på nytt efter att Malmö FF haft ett extrainsatt årsmöte. Medlemmarna röstade nej till en sammanslagning med Limhamn Bunkeflos damlag, som då huserade i Damallsvenskan, med 1090 röster emot och bara 296 röster för. Istället bestämdes det att föreningen, efter tolv års frånvaro, åter skulle starta ett nytt damlag som skulle påbörja sin resa i den lägsta divisionen. [4]
Laget debuterade i division 4 år 2020 och gick under säsongen obesegrade i serien med en målskillnad på 139–0.[5]
2021 vann damlaget division 3 Sydvästra Skåne efter 18 raka vinster och 158-3 I målskillnad.[6]
2022 vann de division 2 Södra Götaland, med 20 raka vinster och målskillnad på 143–5.[7]
Även division 1 2023 Södra vann de med 26 raka vinster och målskillnad 129-17.[8]
2024 spelade laget sin första säsong i Elitettan. Malmö fick en trög start på säsongen, med endast fyra poäng på de första fyra omgångarna. Därefter vände det och laget spelade 21 omgångar utan förlust, varav 20 vinster. Den 12 oktober säkrades avancemang till Damallsvenskan efter vinst mot Örebro SK.[4] Den 6 november 2024 säkrades spel i kommande års upplaga av Svenska cupen. Detta efter en seger mot Trelleborgs FF i sista omgångens kvalspel[9]. Det blev lagets första år som tävlande i Svenska cupen. Den 10 november avgjordes årets säsong av elitettan i en seriefinal mellan Malmö FF och Alingsås IF med en 4–0-seger för MFF.[10] Med denna vinst säkrade Malmö seriesegern vilket blev lagets femte raka.