Till Adlemans forskningsbidrag hör också hans experiment med att använda DNA som hjälpmedel för att lösa komplexa kombinatoriska problem inom matematiken. I sin artikel Molecular Computation of Solutions to Combinatorial Problems (1994) beskrivs lösningen av ett 7-nodsexempel av Hamiltons grafproblem (Efter den irländske matematikern William Rowan Hamilton - en variant av handelsresandeproblemet) med hjälp av DNA. Just detta exempel var matematiskt trivialt, men var ett första försök till lösa komplexa kombinatoriska sökproblem med biologiska metoder.