Hon avgick som justitieminister den 21 september 2000 efter sammanlagt nio år på posten. Orsaken var hennes köp av en allmännyttig hyreslägenhet på Kungsholmen som rönte stor uppmärksamhet i pressen och kritiserades hårt eftersom partikamrater varit med och röstat fram regler som motverkade hyresgästers möjligheter att köpa sina lägenheter och uttalat sig mot ombildning av hyresrätter.[10] Efter avhoppet utsågs hon till förbundsdirektör i Svensk Scenkonst, arbetsgivareföreningen för musik, dans och teater.
Efter tsunamikatastrofen i Indiska oceanen julen 2004 fick Freivalds kritik av konstitutionsutskottet för att Utrikesdepartementet inte hade kapacitet för att hantera en katastrof av den omfattningen. Utskottet menade att Freivalds var ansvarig för att krishanteringen kom igång långsamt och att samordningen med andra departement fungerade dåligt.[11]
Freivalds avgick den 21 mars 2006 från posten som utrikesminister,[12] efter mer än ett års kraftig kritik rörande hanteringen av tsunamikatastrofen och senare kritik rörande hennes roll i stängningen av Sverigedemokraternas webbsidor.[13] Hon gav själv följande kommentar till sitt beslut: ”Det har blivit omöjligt för mig att bedriva ett seriöst arbete.”[14] Freivalds är den första minister i Sverige som två gånger har avgått under skandalartade omständigheter.
Familj
Laila Freivalds var gift första gången 1973–1984 med kanslichefen Bo Månsson[15] och andra gången från 1985 med byggnadsingenjören Johan Hedström (1939–2013)[16] och har en politiskt aktiv dotter, Letti Freivalds.