Klooga ligger 19 meter över havet[2] och terrängen runt orten är mycket platt. Runt Klooga är det ganska tätbefolkat, med 86 invånare per kvadratkilometer.[3] Närmaste större samhälle är centralortenPaldiski, 9 km väster om Klooga. I omgivningarna runt Klooga växer i huvudsak blandskog.[4] Sjön Klooga järv ligger vid orten. Omedelbart norr om Klooga ligger byn Kloogaranna (ranna betyder strand) vid havsviken Lahepere laht.