I oktober 1798 kallades Mack till överbefälhavare för kungliga neapolitanska hären, trängde tillbaka de spridda franska trupperna under Jean Étienne Championnet och ryckte in i Rom. Han tvingades snart dra sig tillbaka och uppge både Capua och Neapel, varefter han för att undkomma den neapolitanska pöbelns raseri sökte sin räddning i det franska högkvarteret i början av 1799. Han fördes därefter som krigsfånge till Paris, men rymde i april 1800 mot sitt hedersord. Mack var en ivrig motståndare till ärkehertig Karl och blev för en tid kejsar Frans II:s inflytelserikaste rådgivare i militära angelägenheter.
Macks kapitulation vid Ulm 1805.
Vid krigsutbrottet 1805 ställdes han i spetsen för Österrikes stridskrafter, men lät lura sig av Napoleon och slutade sin krigarbana med kapitulationen vid Ulm i oktober 1805. Mack internerades och ställdes inför krigsrätt, som 17 juni 1807 dömde honom till 8 års fängelse och förlust av hans värdigheter. Av kejserlig nåd minskades strafftiden till 2 år, och 1819 återfick Mack sin värdighet som fältmarskalklöjtnant och sina ordenstecken.
