Mechelen blev belgiska mästare första gången 1943 och återigen 1946. Under 1960- och 1970-talet pendlade klubben mellan första- och andraligan. Mechelen hade sina största framgångar i slutet av 1980-talet då John Cordier finansierade klubben. 1988 vann klubben Cupvinnarcupen efter finalseger mot Ajax med 1-0 med spelare som Michel Preud'homme, Graeme Rutjes, Erwin Koeman, Marc Emmers och Leo Clijsters.