Henner, som blivit kallad "den moderne Correggio", var en raffinerad kolorist, som med fin känsla för färgernas välljud målade nakna figurer i en stiliserad natur, men även bibliska motiv (bland andra Den barmhärtige samaritanen, 1874, Jesus i graven, 1879, Jesus på korset, staden Paris samlingar), typer från Elsass och mycket distingerade, aristokratiskaporträtt (abbé Hayards porträtt, 1895, Luxemburg).
I sin strävan efter en stark färgklang, åstadkommen genom en känsligt avvägd harmoni av helt få färger, är Henner en föregångare till den dekorativa riktningen. Hans stora pastoral, Eklog (1879, i staden Paris samling), är typisk för konstarten.
Bland hans övriga målningar märks Susanna (1865), Elsassiska (1870), Najad (1875, i Fontainebleau), Sankt Sebastian (1888, i Luxembourg). Henner var medlem av Académie des Beaux-Arts sedan 1889. I Petit Palais är hans staden Paris tillhöriga verk samlade i en "Salle Henner". StockholmsNationalmuseum äger en liten tavla av Henner, Källnymf (Heilbornska donationen).