Han blev kommendant där och befäste skyndsamt staden, varefter han, då schleswig-holsteinarna den 29 september-4 oktober 1850 bombarderade och slutligen stormade densamma, med glänsande tapperhet försvarade sig mot en betydlig övermakt. Till belöning därför blev Helgesen överstelöjtnant och 1851 kommendant i staden Slesvig. 1852 förflyttades han till Rendsborg.