Hakodate (japanska: 函館市,?, Hakodate-shi) är en hamnstad på Hokkaido i Japan. Folkmängden uppgick till 275 457 invånare juli 2013[1], på en yta av 677,95 km².[1] Hakodate är residensstad i subprefekturen Oshima i Hokkaido prefektur och Hokkaidos tredje största stad efter Sapporo och Asahikawa.
Hakodate grundades 1454 av Kono Kaganokami Masamichi då han byggde en herrgård i ainubynUsukeshi,[3] men erövrades av ainubefolkningen under ainuupproret 1512. Under hōeiperioden i början av 1700-talet expanderade staden, åter under japanskt styre, med bygget av flera nya tempel, och 1779 tog utvecklingen ytterligare fart med grundandet av en handelshamn och reguljära handelsrutter till Honshu i söder och Kurilerna i nord.
1854 öppnades hamnen för amerikanska handelsmän, 1858 för alla utländska handelsmän.[4]
Staden har sedan 2005[5]
status som kärnstad (japanska: 中核市?, Chūkakushi) enligt lagen om lokalt självstyre.[6]