Walton studerade juridik och inledde 1774 sin karriär som advokat i Savannah, Georgia. Han innehade den högsta verkställande makten i Georgia redan för en kort tid 1775-1776. Han undertecknade sedan USA:s självständighetsförklaring. Han var senare guvernör 1779-1780 och chefsdomare i Georgias högsta domstol 1783-1789. Han var guvernör för sista gången 1789-1790 och då var han den första demokrat-republikanen i det ämbetet. Han hade inte tidigare varit med i något parti men hört till en informell gruppering som kallades whigs (inte att förväxla med whigpartiet).
Senator James Jackson avgick 1795. Walton blev utnämnd till senaten som federalist. Han efterträddes följande år av Josiah Tattnall.
