Krommer studerade violin och orgel för sin farbror Antonín Mattias Kramár i Brno. Han tjänstgjorde som organist tillsammans med sin farbror innan han flyttade till Wien där han fick tjänst som violinist hos hertigen av Steiermark. Fem år senare utsågs Krommer till kapellmästare vid katedralen i Pécs. 1795 återvände han till Wien där han tre år senare fick kapellmästartjänsten hos hertigen Ignaz Fuchs. Från 1810 arbetade han som musiklärare samt som balettkapellmästare vid Wiener Hoftheater och 1813 efterträdde han Leopold Kozeluch som hovkompositör vid det kejserliga hovet, en tjänst han innehade till sin död. Han var även följeslagare till Frans I på dennes resor i Italien och Frankrike. Krommer erhöll ett flertal utmärkelser under sin livstid, han var bland annat hedersmedlem vid konservatorierna i Paris och Milano.
Padrta, Karel. Franz Krommer (1759-1831); Thematischer Katalog seiner musikalischen Werke. Prague: Supraphon. 1997. 425 pp. ISBN 80-7058-388-6
Suppan: Krommer (Kramář) Franz. In: Österreichisches Biographisches Lexikon 1815–1950 (ÖBL). Band 4, Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Wien 1969, S. 289 f.