Flemingsbergsviken är en typisk sprickdalssjö och utgör den västligaste viken av Orlången. Den är mellan 300 och 500 meter bred och sträcker sig knappt fem kilometer i nordvästlig riktning inåt landet mot kommundelen Flemingsberg som gav viken sitt namn. I östra delen passerar länsväg 259 (Lännavägen) med en cirka 200 meter lång lågbro över viken. Nuvarande bro anlades på 1970-talet men en bro existerade redan vid sekelskiftet 1900. Det fanns även en körbar bro över vikens innersta del. Där stod den numera försvunna Brostugan som var ett dagsverkstorp under Flemingsbergs gård och finns upptagen i husförhörslängden från 1689.
I vikens innersta del anlade Huddinge kommun ett våtmarksområde som skall rena de näringsrika vattendrag som flyter genom jordbruksmarken i avrinningsområdena samt dagvatten (nederbördsvatten) från vägar och torg från Flemingsberg och Glömstaområdena innan det når Orlången. Anläggningen togs i bruk 1995 och har en yta på 150 x 1 200 meter som omfattar bland annat dammar, oljeavskiljning, sedimentering och möjlighet till kemisk fällning.