Lönegren tog en teoretisk teologisk examen vid Lunds universitet 1886, blev extraordinarie hovpredikant 1906 samt teologie hedersdoktor vid Uppsala universitet 1917. Efter tjänstgöring i Linköping och Öved blev Lönegren 1888 föreståndare för diakonissanstalten på Ersta och utnämndes 1909 till biskop i Härnösand. Lönegren har bland annat utgett Minnesskrift till Svenska diakonissanstaltens 50-årsjubileum (1901) samt Johan Christoffer Bring (1926). 1899–1909 redigerade Lönegren diakonissanstaltens organ Olivebladet.[5]