Josephson nådde stora framgångar som konstnär. År 1876 fick han en kunglig medalj för målningenSten Sture den äldre befriar drottning Kristina av Danmark ur Vadstena klosterfängelse.
Efter genomgången kurs vid Konstakademien for Josephson 1876 utomlands, till Italien och Holland, där han kopierade mästare som Rembrandt, Frans Hals och Tizian. Det stora genombrottet kom i Paris efter 1879 med några lysande porträtt av kamrater och vänner, bland annat Hugo Birger i landsknektskostym, Carl Skånberg porträtterad i Velazquesliknade manér samt Allan Österlind porträtterad i en mer avslappnad stil. Sin egen stil hittade han dock främst under en resa till Sevilla tillsammans med Anders Zorn 1881-82.[4]
Privat gick det dock inte lika bra, och han råkade ut för en rad personliga tragedier. Han drabbades redan i unga år av syfilis. Kärlekslivet blev olyckligt och kanske värst av allt: hans mästerverk Näcken (1882,[5] målad i flera versioner under 1880-talet och ibland med titeln Strömkarlen[6]) refuserades av Nationalmuseum. Målningen köptes i februari 1893[7] av en förargad prins Eugen, målarprinsen, som inte bara själv var konstnär, utan också hjälpte många samtida konstnärer ekonomiskt genom att köpa in deras verk till sitt hem på Waldemarsudde. Prinsen lät Näcken få en fast placering och den har sedan dess aldrig lämnat Waldemarsudde. Fadern dog när Josephson var tio år, systern Gelly dog när han var 17 år och den älskade modern dog när han var 30 år, vilket tog honom hårt.
Sommaren 1888 var Josephson utblottad och hade gjort slut på färger och dukar. På ön Île-de-Bréhat i Bretagne ägnade han sig åt spiritism och hemsöktes av religiösa vanföreställningar, där han trodde sig vara Gud och Kristus. Några månader senare togs han in på hospitalet, numera Ulleråkers sjukhus, i Uppsala, där han vistades några månader. Diagnosen var paranoia, vilket idag motsvarar schizofreni. Så småningom flyttade han till Stockholm där två damer vårdade honom till hans död 1906.
Under spiritual trans skapade Josephson visionära dikter och målningar undertecknade med avlidna konstnärers namn. Bland verken finns lyriska och innerliga linjeteckningar och målningar som föreställer själfulla varelser med sorgsna ögon. Några av Josephsons viktigaste verk, till exempel Gåslisa (omkring 1890), liksom diktsamlingarna Svarta rosor (1888) och Gula rosor (1896), tillkom under sjukdomstiden. På 1890-talet fick Ernst Josephson upprättelse som konstnär. Ett par decennier senare skedde ett genombrott för den moderna synen på Josephsons sjukdomskonst, som liksom Carl Fredrik Hills har inspirerat många svenska konstnärer inom expressionismen. Som frisk blev Josephson känd för sina mästerliga oljeporträtt. Sjukdomskonsten domineras av historiska motiv och bilder från sagor och myter.
Svarta rosor och gula. Stockholm: Gernandt. 1901. Libris499895
[Dikter i urval, utg. af Nils Erdmann]. [Stockholm]. 1909. Libris3007674
Vid himmelrikets portar: andeprotokollen från Bréhat sommaren 1888. Hedemora: Gidlund i samarbete med Nationalmuseum. 1988. Libris7668502. ISBN 91-7844-128-5
Konst
Ernst Josephson: Utställning, febr. 1893. Illustr. Katalog. [Förord av G. Pauli.]. Stockholm. 1893. Libris2791587
Ernst Josephson: 60 reproduktioner i tontryck efter fotografier af originalen. Små konstböcker, 99-1831872-4 ; 14. Lund. 1912. Libris492162
Ernst Josephson: 24 målningar : med en inledande essay av August Brunius. Stockholm: Bonnier. 1916. Libris573095
Ernst Josephsons teckningar 1888-1906. Med inledning av Gregor Paulsson. Stockholm. 1918. Libris2791585
Ernst Josephson: Målningar ur privata samlingar : Galerie S:t Lucas. Stockholm: Galerie S:t Lucas. 1942. Libris1409421
Ernst Josephson.: Oljemålningar, akvareller och teckningar från sjukdomstiden. Nov.-dec. 1946. Föreningen för nutida konst. Katalog. Nr 23. 1946.. Stockholm. 1946. Libris2791586
Ernst Josephson: minnesutställning : utställning anordnad av Nationalmuseum, Göteborgs konstmuseum och Liljevalchs konsthall. Liljevalchs katalog, 0349-1137 ; 191. Stockholm. 1951. Libris1455568
En målning och femtio teckningar av Ernst Josephson: [utställning] januari och februari 1960. Katalog 4. Stockholm: Galerie Pierre. 1960. Libris10123811
Ernst Josephson: Teckningar från sjukdomstiden : [utställning] 30 sept. - 16 okt. 1960. Utställning ; [179]. Göteborg: God konst. 1960. Libris10016312
Ernst Josephson: [utställning] november 1964. Katalog 35. Stockholm: Galerie Pierre. 1964. Libris10125860
Paintings and drawings by Ernst Josephson 1851-1906: an exhibition drawn from distinguished public and private collections in Sweden and Norway. Portland, Oreg.. 1964. Libris899959
Tolv teckningar av Ernst Josephson till dikter av Erik Gustaf Geijer. Sthlm: Galerie Pierre. 1964. Libris11098459
Ernst Josephson. Stockholm: Nationalmus. 1976. Libris152337
Blomberg, Erik (1951). Ernst Josephson: hans liv. Stockholm: Wahlström & Widstrand. Libris8207846
Brummer, Hans Henrik (2001). Waldemarsuddes utställningskatalog, 0282-0323 ; 60:01. Stockholm: Norstedt. Libris8345508. ISBN 91-1-300991-5
Wåhlin, Karl (1911-1912). Ernst Josephson 1851-1906: en minnesteckning. Sveriges allmänna konstförenings publikation, 99-0481499-6. Stockholm: Sveriges allmänna konstförening. Libris466572
Blomberg, Erik (1956). Ernst Josephsons konst: historie-, porträtt- och genremålaren. Sveriges allmänna konstförenings publikation, 99-0481499-6 ; 65. Stockholm: fören. Libris451140
Blomberg, Erik (1946). Spelmannen och sprattelgubben: en Josephsonstudie. Stockholm. Libris1925678
Brummer, Hans Henrik (1991). Ernst Josephson: målare, romantiker och symbolist. Stockholm: Carlsson i samarbete med Prins Eugens Waldemarsudde. Libris7666084. ISBN 91-7798-503-6
Cronholm, Börje (1961). Ernst Josephsons psykiska sjukdom i Erik Blombergs tolkning. Stockholm. Libris1925679
Ehrensvärd, Ulla (1951). Ernst Josephson. Stockholm. Libris1923458
Ernst Josephsons "Spanska smeder" i två versioner. Stockholm: Nationalmuseum. 1978. Libris12322388
"Erotikk og galskap": på vei mot den frigjorte kunst! : Ernst Josephson, Auguste Rodin : [utstilling, Vikersund], Stiftelsen Modums Blaafarveværk, 19. mai-23. september 2001. Vikersund: Stiftelsen Modums Blaafarveværk. 2001. Libris7696049. ISBN 82-90734-25-5
Evers, Knut; Mesterton, Ingrid (1990). Ernst Josephson och Fänrik Stål. Stockholm: Samf. Sverige-Finland. Libris7448348. ISBN 91-630-0191-8
Gunér, Göran (1990). Jag skall bli Sveriges Rembrandt eller dö: en film om Ernst Josephson (1851-1906) : brev, målningar, teckningar, dikter, musik, vänner och motståndare berättar om ett konstnärsliv. s.l.: Athenafilm. Libris2067710*Hoffman, Joseph (1974) (på engelska). Ernst Josephson of Sweden. New York. Libris1905369
Jacobsson, Ingrid (1946). Näckenmotivet hos Ernst Josephson: ett tema med variationer. Göteborgs kungl. vetenskaps- och vitterhets-samhälles handlingar. Ser. A, Humanistiska skrifter, 99-0427951-9 ; Följd 6,3:3. Göteborg. Libris1398791
Jacobsson, Ingrid (1943). "Ögat vänt inåt ser paradis". Stockholm. Libris1923466
Josephson, Ernst (1946) (på danska). Tegninger. København: Wivels forlag. Libris1744322
Kruse, John (1911). Ernst Josephson och Gustaf Fröding: en parallell. Stockholm. Libris1925687
Lövgren, Sven (1959). Ernst Josephson djupanalyserad. Stockholm. Libris1960943
Mesterton, Ingrid (1957). Vägen till försoning: en konstpsykologisk studie i Ernst Josephsons religiösa fantasivärld = A study in the religious art and ideas of Ernst Josephson. Göteborg: Wettergren & Kerber. Libris805737
Nordenfalk, Carl (1944). Van Gogh och Josephson - ännu en gång.. Stockholm. Libris2937715