Emtricitabin är indikerat för behandling av HIV-infekterade vuxna och barn i kombination med andra antiretrovirala läkemedel.
I kontrollerade kliniska prövningar har emtricitabin visat effektiv kontroll av HIV-replikation när det kombineras med andra antiretrovirala läkemedel. Emtricitabin minskar HIV-nivån i blodet i upp till 48 veckor hos patienter som påbörjar antiretroviral behandling för första gången samt hos tidigare behandlade patienter med stabil virologisk kontroll.