Från Tripolis gick färden den vanliga vägen över Murzuk till Kuka i Bornu, som han nådde i januari 1854. Därifrån fortsatte han till Mandara, i vars huvudstad Mora han en tid hölls fången. I december samma år sammanträffade han med Barth i Zinder och återvände därefter till Kuka. Han gjorde även utflykter till Jakoba i Sokoto och Binue.
I januari 1856 lämnade han Kuka för att genom Sudan nå Nilen, men om hans öden under denna resa har man underrättelser endast genom andra, ty (antagligen) i februari samma år mördades han i Wara på befallning av sultanen i Wadai. Flera expeditioner eftersökte honom; först Gustav Nachtigal kunde under sin resa genom Wadai 1873 inhämta bestämda upplysningar om hans öde. Vogels syster Elise Polko utgav hans biografi under titeln: Erinnerungen an einen Verschollenen (1863).
