McDonough gick ut från Saint John's University 1992 med högsta betyg (summa cum laude) och examina i historia och spanska.[3] Efter examen reste McDonough mycket omkring i Latinamerika och undervisade på high school i Belize.[3] Därefter gick han på Georgetown University och avlade 1996 masterexamen där.[3]
Tidig karriär
Från 1996 till 1999 arbetade McDonough som tjänsteman vid Representanthusets utrikesutskott,[4][5] där han fokuserade på frågor rörande Latinamerika.[6] Sedan tjänstgjorde McDonough såsom utrikespolitisk rådgivare till senatorTom Daschle.[3] Efter att Daschle misslyckats med att bli omvald 2004 blev McDonough assistent till nyvalde senatorn Ken Salazar.[3] McDonough arbetade också för Center for American Progress 2004.[6]
År 2007 inkallades senator Barack Obamas högste utrikespolitiske rådgivare, reservofficerenMark Lippert, till aktiv tjänst i USA:s flotta och McDonough rekryterades som ersättare under Lipperts utpostering i Irak.[3][7] McDonough fortsatte att tjänstgöra som Obamas utrikespolitiske rådgivare under dennes presidentvalskampanj 2008.[6][8]
Den 22 oktober 2010 tillkännagav president Obama att McDonough skulle ersätta Thomas E. Donilon som biträdande rådgivare för nationell säkerhet.[10] McDonough kunde ses på fotografier tagna i Vita husets Situation Room medan den amerikanska operationen att likvidera Usama bin Ladin pågick i maj 2011.
Den 25 januari 2013 utnämnde president Obama Denis McDonough till sin stabschef.