* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 5 september 2024. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 5 september 2024.
Ndoye föddes i Nyon och började spela fotboll i den lokala klubben FC La Côte Sports.[1] Som ung gick han därefter över till Lausanne-Sport.
Den 27 januari 2020 värvades Ndoye av Nice, men han lånades tillbaka till Lausanne-Sport över resten av säsongen 2019/2020.[2] Ndoye gjorde sin Ligue 1-debut den 23 augusti 2020 i en 2–1-vinst över Lens, där han blev inbytt i den 68:e minuten mot Khéphren Thuram.[3]
Den 31 augusti 2021 lånades Ndoye ut till Basel på ett säsongslån.[4] Den 4 februari 2022 valde Basel att utnyttja sin köpoption i låneavtalet och Ndoye skrev på ett kontrakt fram till sommaren 2026 med klubben.[5]
Den 14 augusti 2023 värvades Ndoye av italienska Bologna.[6]