Församlingen bildades 1635 genom en utbrytning ur Värmdö församling.
Församlingen var till 1869 annexförsamling i pastoratet Värmdö, Södra Ljusterö och Boo som från 1638 även omfattade Möja församling, från 1683 Djurö och från 1792 Ingarö församling. Från 1869 till 1 maj 1902 annexförsamling i pastoratet Värmdö, Boo, Djurö, Möja och Ingarö som från 1902 även omfattade Gustavsbergs församling. Från 1 maj 1902 till 1 maj 1923 annexförsamling i pastoratet Gustavsberg, Boo och Ingarö för att därefter utgöra ett eget pastorat.[3]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]