Till en början nådde Baglerna framgångar men drabbades 1199 av ett svårt militärt nederlag i slaget vid Strindsjøen nära Trondheim och ledarna tvingades åter gå i landsflykt. Baglerpartiets bildande är närmast att se som en kontrarevolution, den gamla etablerade maktelitens reaktion mot Birkebeinarnas maktövertagande och förskjutningen av den norska kungamaktens geografiska maktbas till Tröndelag.
Efter kung Sverres död 1202 gjorde Baglerna ett misslyckat försök att erövra Bergen, vilket slutade med att kung Inge Magnusson blev dödad av fientligt inställda bönder. Baglernas ställning var då så försvagad att de tvingades acceptera Sverres son Håkan som Norges nye kung. Under dennes korta regering (dog 1204) började dock en ny ledare, Erling Steinvegg, påstådd son till kung Magnus Erlingsson, agitera mot birkebeinarkungadömet. När Håkan dog började striderna igen. Erling Steinvegg fick militärt stöd av den danske kungen Valdemar Sejr som påstås ha låtit Erling bevisa sin kungliga härkomst genom järnbörd. Efter flera års strider, som inte ledde till något avgörande, slöts fred 1208, närmast på grund av att allmän krigströtthet började bli en starkare faktor än de politiska motsättningarna. Dessa började upplösas genom att birkebeinarledarna successivt allt starkare knöts till den gamla maktelit som de en gång bildats för att bekämpa. Att motsättningarna mellan partierna upplösts blev tydligt 1217-18 då Hakon Hakonsson genom Skule jarls medling enhälligt blev tagen till Norges kung och de två partierna gemensamt slog ner den obetydliga oppositionen mot detta som tog sig uttryck i ett mindre bondeuppror.