Staden förblev den viktigaste tullstationen vid sundet under den bysantinska perioden. 1203 stannade det fjärde korståget vid Abydos och plundrade åkrarna runt staden under en veckas tid innan de fortsatte mot Konstantinopel som de intog följande år.
Den osmanskesultanenMehmet II erövrade det bysantinska riket1453 och för att stärka kontrollen över sundet lät han omkring 1456 uppföra två fort, de så kallade "gamla slotten", ett vid Abydos och ett vid Sestos. 1658 uppfördes de "nya slotten" vid sundets mynning.