Клуб је основан 1999. као HSV Lübeck и преузео је бундеслигашку лиценцу од VfL Bad Schwartau. Године 2002. клуб је премештен у Хамбург и преименован у HSV Hamburg. Хамбург није део спортског друштва Хамбургер, и он само има право да користи његов амблем и скраћеницу имена.