Пресека је смештена у источном делу Северне Македоније. Од најближег града, Кочана, насеље је удаљено 20 km североисточно.
Насеље Пресека се налази у историјској области Осогово, на јужним падинама Осоговске планина. Западно од насеља протиче Оризарска река, која се јужније улива у реку Брегалницу. Надморска висина насеља је приближно 930 метара.
Месна клима је планинска због знатне надморске висине.
Становништво
Пресека је према последњем попису из 2002. године имала 68 становника.
Претежно становништво у насељу су етнички Македонци (100%).
Већинска вероисповест месног становништва је православље.