Био је четврти син цара Максимилијана II и његове супруге Марије из шпанске гране Хабзбурга. Оженио се Аном, кћерком свог стрица Фердинанда, надвојводе од Аустрије. Брак је био бешчедан, а Матија је 1595. наследио Аустријско надвојводство од стрица.
Матијин старији брат, цар Рудолф II, поставио га је 1593. за намесника Аустрије. У овом периоду Матија је склопио пријатељство са бечким бискупом Мелхијором Клезлом који му је доцније постао главни савезник. У периоду Дугог рата (1593—1606) хабзбуршке војске су се сукобиле са Османлијама око превласти над северном Угарском и Ердељом. Угарско протестантско племство је 1605. искористило прилику да покуша да збаци власт католичких Хабзбурга. Рудолф је овластио Матију да угуши побуну што је овај и учинио, мада је Бечки мир из 1606. потврдио начело верских слобода у Угарској.
Победа из 1605. помогла је Матији да се 1606. наметне за породичног старешину аустријских Хабзбурга. Његов ексцентрични и болешљиви брат Рудолф II морао је а га одреди за свог наследника. Уз помоћ Скупштине државних сталежа Аустрије, Угарске и Моравске Матија је 1608. натерао брата да му препусти угарску круну, а 1611. и круну Чешке.
Након Рудолфове смрти почетком 1612. Матија је најзад добио дуго жељену титулу цара Светог римског царства. Уз подршку бискупа Клезла спроводио је политику верске толеранције дарујући слободу вероисповести и друге привилегије протестантима у Аустрији и Моравској. Оваква политика изазвала је противљење присталица противреформације, на првом месту Матијиног брата од стрица Фердинанда. Прашка дефенестрација из 1618, којом је започет Тридесетогодишњи рат, заоштрио је прилике у Светом римском царству, као и односе међу самим Хабзбурзима. Услед старости и болести Матија је 1617. препустио власт над Чешком Фердинанду II, а 1618. и над Угарском. Фердинанд II је након Матијине смрти 1619. наследио и царски престо.
