Брагадин је постављен за генералног провидура[а] млетачког Кипра[б] непосредно пред избијање Кипарског рата (1570-1573). У августу 1570. Кипар је напала турска флота, која је искрцала око 50.000 војника, а најутврђенији град на острву, Никозија, пала је после месец дана опсаде. Марко Антонио Брагадино оправио је запуштене бедеме Фамагусте, довукао артиљерију и дочекао турску војску са гарнизоном од 7-8.000 људи. Опсада је трајала пуних 11 месеци, све до 4. августа 1571, кад је Фамагуста, после херојске одбране, капитулирала под условом да се да слобода свим браниоцима и слободан одлазак свима који то буду хтели. Турци су ипак извршили покољ око 300 разоружаних бранилаца,[в] а остале су одвели као робље.[1][3]
