Партизан је у овом периоду и два пута освајао куп1985. и 1986. године.
После распада Југославије нису имале успеха, све до сезоне 2009/10. када су постале првакиње Србије. Наредна сезона 2010/11. је била још успешнија јер су играчице Партизана освојиле дуплу круну, освојивши првенство и куп.
У сезони 2011/12. Партизан је по први пута освојио Регионалну лигу тријумфом на финалном турниру у Зеници. Клуб из Хумске био је бољи у финалу од домаћег Челика резултатом 74:65.[1] На крају сезоне Партизан је поново освојио првенство што је била укупно 6. титула првака у историји клуба.
Међутим, на крају сезоне 2012/13. клуб је наишао на непремостиву препреку - мањак новца. Тренер клуба Марина Маљковић отишла је у Француску, а исто тако екипа је остала без свих носилаца игре. Упркос све већим тешкоћама у функционисању, клуб је 2013/14. стигао до полуфинала плеј-офа, као и годину касније, где је заустављен од ЖКК Војводина. У Регионалној лиги изборено је пето место, након лидерске позиције у Групи А.
Потпуни крај клуба проглашен је у августу 2015. године када је Управа ЖКК Партизан обзнанила да клуб неће са сениорском екипом наступати нити у националној елитној дивизији, нити у Женској регионалној лиги. Обелодањено је да ће нови клуб - КЖК Партизан 1953 наступати у Другој женској лиги - Група Север Б, као и у Купу Србије.
Тренерског места прихватио се Мирослав Кањевац, који је том приликом рекао:[6]
Ово је мој повратак у клуб у коме сам провео лепе тренутке. Партизан се не одбија. У Партизану раде озбиљни људи, знам како клуб функционише, тако да се нисам размишљао да ли да прихватим понуду. Партизан је увек Партизан, без обзира у ком рангу такмичења игра. Даћу максималан допринос да се Партизан врати тамо где му је и место.
Истог дана, за клуб су уговоре потписале Тамара Петковић, Милица Шпикић, Марија Петковић, Бојана Јанковић, Сузана Миловановић, која је стигла из румунског Арада, Марија Стојановић, Ана Милетић, Драга Ћиримановић, Јелена Милекић и Теодора Банковић.
Повратак у Прву лигу и први трофеј
Након само годину дана у Другој лиги Партизан се у сезони 2016/17. вратио у Прву лигу и Регионалну кошаркашку лигу. У регионалној лиги заузели су 8. место, а у Првој лиги 3. место и пласирали се у плеј-оф. У полуфиналу састали су се са Црвеном звездом и поражени су са 2:0 у победама.