Естонија је учествовала на Светском првенству у атлетици у дворани 2012. одржаном у Истанбулу од 9. до 11. марта једанаести пут, односно учествовала је под данашњим именом на свим првенствима од 1993. до данас. Репрезентацију Естоније представљала су два такмичара (1 мушкарац и 1 жена), који су се такмичили у две дисциплине.
Естонија није освојила ниједну медаљу али је Мик Пахапил остварио два лична рекорда сезоне.
