Главни штаб основан је 22. јуна1941. године у Љубљани, под именом Врховно заповедништво словеначких партизанских чета. Основни део заповедништва била је Војна комисија при Централном комитетуКомунистичке партије Словеније. Септембра 1941. године, Врховно заповедништво преименовано је у Главно заповедништво словеначких партизанских чета. Од краја 1942. године, успостављено је Главно заповедништво словеначке народноослободилачке војске и партизанских одреда Словеније. У мају1943. године, Главно заповедништво СНОВ и ПОС најзад је преименовано у Главни штаб НОВ и ПО Словеније. То је име Штаб носио све до марта1945. године, када је преименован у Главни штаб Југословенске армије за Словенију. Главни штаб укинут је 18. маја 1945. године.
До средине 1943. године, Главни штаб био је подређен Извршном одбору Ослободилачког фронта Словеније, а заповеднике Штаба именовао је Врховни штаб НОВ и ПО Југославије. Седиште Штаба првобитно се налазило у Љубљани, да би се маја 1942. године преселило у Кочевски Рог. Штаб је тамо деловао све до новембра 1942. године, када је премештен у Полхограјске доломите. Штаб је тамо деловао од новембра 1942. до априла 1943. године, када је његово седиште опет премештено на Кочевски Рог.