У омладинском узрасту Гинтер Нецер је био у ФК Менхенгладбаху, а онда је са 19 година отишао у Борусију Менхенгладбах. Борусија Менхенгладбах је тада играла у другом нивоу немачког фудбала, а Нецер је помогао да 1965. године клуб уђе у Бундеслигу. Нецер је за Борусију играо до 1973, која је у тој ери била ривал са Бајерн Минхеном. За Борусију су тада поред Нецера играли и Берти Фогтс, Јуп Хајнкес, Херберт Вимер и други. Са Борусијом Нецер је освојио 2 узастопне титуле у Бундеслиги (1969/70. и 1970/71.) и један Куп Немачке (1973). У финалном мечу тог купа против Келна Нецер је био резервни играч. Резултат је био 1:1 и утакмица је отишла у продужетке, где је већ у 91. минуту на сопствено инсистирање замениоКристијана Кулика. Три минута касније је након дуплог паса постигао победоносни гол за Борусију и победу од 2:1.[1] Након Борусије Нецер прелази у Реал Мадрид, са којим осваја по 2 пута Примеру и Куп Шпаније. Након Реал Мадрида Нецер прелази у Грасхопер где завршава каријеру.
Након завршетка каријере постао је спортски директор ХСВ-а, где је провео 8 година. За тих 8 година ХСВ је освојио 3 Бундеслиге и један Куп шампиона, што је један од најуспешнијих периода у историји ХСВ-а.
