Клуб је основан 4. октобра1945. када је основано ЈСД Партизан, као секција спортског друштва, три године касније секција је прерасла у клуб. Партизан је дао велики број државних репрезетативаца и првака у свим узрасним категоријама. Дуги низ година после оснивања клуб је био водећи у земљи, о чему говори податак да је на првих шест екипних првенстава (1947—1952) после рата био првак, а би исти такав низ направио до 1956. до 1964. Обзирома на систем такмичења то је значило да је имао најбољу сениорску екипу. Исто је направио у првом такмичењу у Купу Југославије 1965 за сениоре, а онда је уследио дуги „пост“ преко 25 година. У такмичењу за Куп женска екипа је имала више успеха освојивши куп првих 8 година за редом (1974—1981)
Још безброј тркача, бацача и скакача је допринело да АК Партизан до сада 39 пута постане екипни државни првак у мушкој и женској конкуреницији и 24 пута освајач купа. Највећи успех оствариле су јуниорке 1990. године победом у купу европских шампиона.
Доласком репрезентативаца Србије Асмира Колашинца и Емира Бекрића као и повратком Драгутина Топића Партизан је коначно вратио шампионску титулу у Хумску 2012. године. Треба споменути и дугогодишњег председника АК Партизан Драгана Васиљевића.