Основну школу завршио је у Врању, гимназију у Врању и Нишу, а Велику школу (историјско-филолошки одсек) у Београду. Докторат из филозофије положио је у Бечу 1898. Као чиновник Министарства иностраних послова службовао је од 1898. до 1904. у Битољу, Скопљу и Београду.
Јован Хаџи-Васиљевић је написао велики број радова из историје, географије и етнологије. Вредност његових радова је у томе што су засновани на теренским истраживањима, а посебно на просторима Старе Србије и Македоније (Јужне Србије). Био је уредник часописа Браство, билтена Друштва Светог Саве.