Будући Патријарх Јован XI Агапит рођен је у Халкидону. Када је одрастао, рукоположен је за ђакона да служи у Великој Цркви[2]. Истовремено је заузимао положај Јеромнимона[3].
24. маја 1111. године изабран је на цариградског патријарха[4].
За време владавине Јована Агапита, настала је полемика око учења митрополита Никејског Јевстатија, који је износио различите претпоставке о људској природи Христовој. Јевстатије је чак написао 2 трактата у којима је, да би доказао своје идеје, цитирао одломке из дела Кирила Александријског. Патријарх Јован је 26. априла 1117. године био на челу архијерејског сабора у Цариграду. На сабору се митрополит Јевстатије одрекао својих мисли и затражио од сабора опроштај за своје погрешно учење. Јевстатијева дела су спаљена. Патријарх је одлучио да Јевстатију не одузме чин, већ му је забранио служење до следећег сабора[2].
1134. године је умро патријарх Јован XI Агапит[4].