На драфту 2004. године изабран је као други пик. Након драфта Малкин због међународних спорова двеју држава био је присиљен остати у Русији. Након доласка у лигу у сезони 2006/07 освојио је Калдер трофеј за најбољег новајлију године. У другој сезони са Питсбург пенгвинсима стигао је до финала Стенли купа и завршио на другом месту у трци за Хартов меморијални трофеј. Следеће сезоне освојио је Арт Росов трофеј за играча са највише постигнутих поена (113) у регуларном делу сезоне[1], као и Џон Смит трофеј као најкориснији играч плеј офа.
Малкин је играо за репрезентацију на Зимским олимпијским играма 2010. у Ванкуверу. постигао је 3 гола и имао 3 асистенције на 4 меча. Русија је поражена у четвртфиналу од Канаде и на крају је завршила на шестом месту.
